Прототип водки был изотовлен еще в 11 веке персидским врачом Ар-Рази, который первым выделил этанол путём перегонки. Полученная жидкость применялась исключительно в медицинских целях, так как Коран запрещает употребление алкоголя. В Европе первым получил спиртосодержащую жидкость итальянский монах-алхимик Валентиус.

В России водка появилась только в конце 14 века. В 1386 году генуэзское посольство привезло в Москву первую водку («aqua vitae» — «живая вода») и представили её князю Дмитрию Донскому. Эту водку алхимики из Прованса получали из виноградного сусла, используя все тот же изобретенный арабами перегонный куб. Хотя арабы и создали первыми перегонное устройство, они не создали не одного известного спиртного напитка, в Европе напротив родились все современные крепкие напитки: бренди, коньяк, виски, шнапс и русская водка. Русское название «спирт», произошло от латинского словосочетания «дух вина» (по-латыни «spiritus vini»).

Согласно древнему преданию, около 1430 года монах Исидор из Чудова монастыря, создал рецепт первой русской водки, он стал автором качественно нового алкогольного напитка. Благодаря, этому и другим фактам международный арбитраж в 1982 году подтвердил данный факт, закрепив за Россией приоритет создания водки как русского оригинального алкогольного напитка.

Дмитрий Менделеев 31 января 1865 года защитил докторскую диссертацию «О соединении спирта с водою», посвящённую теории растворов на основе исследований водного раствора спирта. В этой диссертации Д. И. Менделеев предложил содержание спирта в водке 40°, как идеальное с точки зрения питья. В 1894 году российское правительство запатентовало водку, содержащую 40 весовых частей этилового спирта и пропущенную через угольный фильтр, в качестве русской национальной водки под названием «Московская особенная».